Siamo nel 2019 post-terza guerra mondiale, nella distopica metropoli di Neo-Tokyo, segnata dal caos e dalle proteste, a cui si aggiungono le sfide sanguinolente di violente bande di motocilisti. Kaneda è a capo di una di queste gang, di cui fa parte anche il più giovane Tetsuo. Durante una delle tante fughe, la moto di Tetsuo sbanda nel tentativo di schivare uno strano bambino, il quale rimane illeso, ma che viene prelevato assieme al dolorante Tetsuo dal Colonnello Shikishima.
Mentre la gang di Kaneda, arrestata e poi rilasciata dalla polizia, si mette sulle tracce di Tetsuo, il giovane viene curato in un ospedale militare, dove viene sottoposto a dei trattamenti particolari. Il dottore Ōnishi scopre che Tetsuo ha delle strane abilità telecinetiche, e viene quindi trattenuto in laboratorio, diventando oggetto di studio.
Intanto Tetsuo viene assalito da pesanti allucinazioni, dalle quali apprende di non essere il solo a possedere questo potere: ci sono altri tre bambini, Takashi, Masaru e Kiyoko, ad avere la stessa abilità di uccidere col solo sguardo. Queste persone vengono chiamate esper; come lui, era esper anche Akira, l’individuo che, nel 1988, aveva provocato la distruzione di Tokyo.
Appresa questa notizia, Tetsuo si trova travolto in un delirio di onnipotenza incontrollabile, che nemmeno l’amico Kaneda riesce a placare. La situazione nella città di Neo-Tokyo continua a peggiorare, e il Colonnello Shikishima ne approfitta per prendere il potere con un colpo di stato. Nel frattempo, viene smascherato l’intero “progetto Akira”, e il passato torna a ripetersi, con risultati ancora più estremi…
