Snake Eyes è un orfano che cerca vendetta per l’assassinio di suo padre, avvenuto vent’anni prima per mano di un uomo chiamato Augustine. Viene reclutato dallo Yakuza Kenta, che gli promette informazioni su Augustine in cambio della sua fedeltà. Snake Eyes lavora come trafficante d’armi per Kenta, ma quando gli viene ordinato di uccidere Tommy Arashikage, il cugino di Kenta e l’erede di un antico clan ninja, decide di salvarlo e fuggire con lui in Giappone.
Tommy porta Snake Eyes nel suo villaggio, dove viene accolto dal clan Arashikage, che gli insegna le arti marziali e i valori dei guerrieri ninja. Snake Eyes fa amicizia con Akiko, la guardia del corpo di Tommy, e incontra anche Scarlett, un’agente dell’organizzazione anti-terroristica G.I. Joe, che lo avverte del pericolo rappresentato dal Cobra, un gruppo criminale che vuole impadronirsi di un’arma segreta custodita dagli Arashikage.
Snake Eyes, però, nasconde un segreto: è ancora in contatto con Kenta, che lo ricatta minacciando di uccidere Augustine se non gli consegna l’arma. Snake Eyes accetta di tradire il clan e ruba l’arma, una pietra magica che dona poteri sovrumani, ma si rende conto di aver sbagliato quando Kenta la usa per attaccare il villaggio e uccidere il maestro cieco degli Arashikage. Snake Eyes si pente e si schiera con il clan, combattendo contro Kenta e i suoi alleati del Cobra, tra cui la Baronessa, una spia senza scrupoli.
Snake Eyes riesce a recuperare l’arma e a salvare Tommy, ma quest’ultimo, deluso dal suo tradimento, lo sfida a duello e lo sconfigge. Snake Eyes viene espulso dal clan, ma promette di riconquistare la loro fiducia. Prima di andarsene, riceve da Scarlett una proposta per unirsi ai G.I. Joe e combattere il Cobra, che ora ha tra le sue file Storm Shadow, il nuovo nome di Tommy. Snake Eyes accetta e si prepara per una nuova avventura.
